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Plant Phenomics | 一种通过卷积神经网络(CNN)和双向扇区搜索技术对西番莲果树枝的检测和重建

发表时间:2023-12-25 10:35:06点击:193

来源:植物表型组学

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传统的果树种植行业在很大程度上依赖劳动力的支持,具备强大感知和推理能力的智能农业机器人被应用于繁琐重复的农业生产工作,以解决劳动力短缺等问题。准确的检测和重建分支有助于收获机器人的准确性和植物表型信息的提取。然而,复杂的果园背景和藤蔓果树扭曲生长的树枝使这一设计具有挑战性。与传统方法相比,深度神经网络的强大特征提取和自主学习能力更能适应复杂的背景。目前深度学习方法应用于果树的特征提取研究大多集中在杉木果树上,并且目标和背景之间存在明显的对比,相对较简单。在早期阶段,必须通过大量数据分析来获得约束枝条重建的参数,并不会在生产实践中带来便利。

2023年9月,Plant Phenomics 在线发表了广西师范大学教育部教育区块链与智能技术重点实验室和上海农业科学院农业信息科学技术研究所等人合作完成的题为Detection and Reconstruction of Passion Fruit Branches via CNN and Bidirectional Sector Search 的文章。

为了解决这些问题,本研究主要进行了两方面的研究:第一,本研究开发了一种改进的实例分割网络,用规则形四边形表示随机生长的分支,有效降低了检测原始分支的复杂性,以在自然果园环境下准确检测和分割果树的枝条。第二,本研究提出了一种基于双向扇区搜索的分支重建算法,基于生长姿态,对改进模型得到的分段分支进行自适应重构。需要注意的是,重构算法中使用的扇区搜索策略在较长的距离上具有更宽的搜索区域,这在一定程度上弥补了由于检测模型的分支过度弯曲或遗漏检测而导致的低重构率。

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图1 图像采集和标注:(A)相机的位置和角度,捕获图像的(B)示例,以及分叉(上)和分段(下)分支的(C)标签


本研究采用Mask R-CNN卷积神经网络(Mask Region-based convolutional neural network,Mask R-CNN)架构,结合可变形卷积对复杂背景下的分支进行分割。基于生长姿态,提出了一种双向扇区搜索的分支重建算法,对改进模型得到的分段分支进行自适应重建。改进的Mask R-CNN模型用于百香果的枝检测的平均准确率、平均召回率和F1分数分别为64.30%、76.51%和69.88%,在测试数据集上的平均运行时间为0.75秒,优于对比模型。该研究从测试数据集中随机选择40张图像来评估分枝重建。分枝重建精度为88.83%,平均误差为1.98px,重建直径平均相对误差为7.98 px,均交并比(Mean intersection-overunion ratio,mIOU)为83.44%。单幅图像的平均重建时间为0.38秒,本研究所提出的方法可以为检测和提取果树枝条的表型参数,尤其是类葡萄果树的枝条,可以为后续果树枝条表型研究提供良好的基础,并为智能农业设备提供必要的技术支持。

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图2 改进了3种阳光条件下的Mask R-CNN检测效果:(A)检测早上采集的图像的结果,(B)检测中午采集的图像的结果,(C)检测下午采集的图像的结果

本文的主要作者为鲍江川博士和陆声链教授,所属单位为广西师范大学教育部教育区块链与智能技术重点实验室和上海农业科学院农业信息科学技术研究所。基金资助:国家自然科学基金项目(第61662006号),广西农业科技计划项目(Z201915),上海科技委员会计划(编号:21N21900700)。

论文链接:

‍https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0088

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https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0061

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About Plant Phenomics

《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。中科院农艺学、植物科学一区,遥感二区,生物大类一区(TOP期刊)。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。

说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。

中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。

撰稿:吴庚宸(南京农业大学)

排版:苏梓钰(南京农业大学)

审核:孔敏、王平


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