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Plant Phenomics 综述 | 利用人工智能进行根系结构成像分析的最新进展

发表时间:2024-04-28 16:00:04点击:220

来源:植物表型组学

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根是获取水分和养分以维持和支持植物生长和锚定所必需的部位。然而,直到最近几十年,它们在表型和植物育种中的研究少于地上性状。在现代,根系形态和根系构型等性状已被认为是“第二次绿色革命”中创造更多更高品质食品的重要性状。为了解决RSA和其他根系研究的不足,人们正在研究新技术,以满足通过根系性状改善植物的日益增长的需求,并克服目前在稳定产量方面停滞不前的遗传进展。

2024年4月,Plant Phenomics 在线发表了美国USDA等单位题为The State of the Art in Root System Architecture Image Analysis Using Artificial Intelligence: A Review的综述论文。该综述系统总结了RSA研究的起源、应用、挑战和未来方向的概要。

研究人员首先介绍了植物根系的重要性:根部不仅提供机械支撑,还是水、养分的主要获取器官,有助于改善土壤结构。培育特定根型的作物可提高粮食安全和农业可持续性。植物育种中,根部特性的重要性常被忽视。但根部的隐藏特质影响作物性状的培育。如何观察、量化和解释根部结构成为育种努力和高通量表型研究的挑战。随后介绍了根系获取方法包括破坏性和非破坏性两种。破坏性方法如根系采集,最为侵入和破坏,但可进行三维可视化。非破坏性技术如根窗技术可进行时间序列分析,观察生长习性。虽然非破坏性技术不损伤植物,但存在采样不全、技术局限等问题,因此采用AI技术辅助分析根系图像的综合方法日益受到关注。还介绍了利用人工智能(AI)和机器学习(ML)技术进行根系图像分析具有很强的优势。ML技术的灵活性和可扩展性推动其在以往无关领域和主题中的应用。ML在植物育种中的应用已成为改善植物表型学的关键因素,但还面临着一系列挑战。最后,对未来研究进行了分析与展望。

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图1 单子叶植物和双子叶植物的根系。根和芽鳞片被夸大的细节。直根在一些文献中也称为胚根和初生根

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图2 RSA研究过程的ML使用苜蓿根图像。一般步骤包括图像捕获,预处理,分割/特征提取,模型训练,模型调整,模型验证和模型识别

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图3 涉及牙根成像的被引用AI研究文献的网络图

在本文中,作者讨论了RSA研究,成像技术和ML技术的应用,交叉点和重要性如何推进植物根系研究。作者相信,鉴于ML和CV建模最近取得的重大成就,随着研究人员在自己的研究中深入研究这些障碍,ML和CV建模在准确性,预测能力和计算速度方面都会增长,先进的成像技术与改进的ML技术和模型相结合的未来是有希望的。

论文链接:

https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0178

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About Plant Phenomics

《植物表型组学》(Plant Phenomics)是由南京农业大学和美国科学促进会(AAAS)合作创办的英文学术期刊,于2019年1月正式上线发行。采用开放获取形式,刊载植物表型组学交叉学科热点领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、数据集和观点。具体范围涵盖高通量表型分析的最新技术,基于图像分析和机器学习的表型分析研究,提取表型信息的新算法,作物栽培、植物育种和农业实践中的表型组学新应用,与植物表型相结合的分子生物学、植物生理学、统计学、作物模型和其他组学研究,表型组学相关的植物生物学等。期刊已被DOAJ、Scopus、PMC、EI和SCIE等数据库收录。科睿唯安JCR2022影响因子为6.5,位于农艺学、植物科学、遥感一区。2023年中科院期刊分区位于农林科学大类一区。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目。

说明:本文由《植物表型组学》编辑部负责组稿。

中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。

撰稿:王孟达(南京农业大学)

编辑:张婕(上海交通大学)

审核:孔敏、王平

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