研究生物体内复杂的生物过程，较直观的方法就是成像技术，如免疫组化、荧光原位杂交技术、细胞成像技术以及活体动物体内成像技术等。由于自发荧光以及光谱重叠的干扰，这些成像方法都只能用一种染料标记特定分子进行成像，即便通过荧光共振能量转移来研究分子问的相互作用，也只能同时有两种染料标记，且无法消除光谱重叠的干扰。生物体内过程的复杂性决定了单色成像用于生物医学研究的局限性，特别是人类基因组计划完成后，研究进入后基因组时代，较加注重基因表达和蛋白质功能信号通路的研究，这些核酸和蛋白质复杂多样在体内行使着多种多样的功能。随着成像学和光谱学的发展，使得图像被解混成为可能，多种染料标记不同的生物分子，即使存在非常明显的光谱重叠，通过光谱解混也能将每种光学信号彼此分离开。

多光谱成像技术的基本原理 

    多光谱成像技术是基于成像学和光谱学发展起来的一门新兴技术，它作为一种分析工具，可应用于包括生物医学在内的很多不同的研究领域。多种荧光同时标记时，经过单色光的激发，其多种荧光信号混杂在一起，通过液晶可调谐滤光片对所需波长光进行滤过和电荷藕合元件的采集，然后经信号解混系统将采集到的多种混杂的光解混，经过信号输出和显示，可直观地观察到不同颜色标记的生物样品的不同的成分或定位。多光谱成像和普通成像技术的较大不同之处，能获得每张图像每个像素点的高分辨率的光谱，而不是肉眼所见的红、蓝、绿三色图像。

多光谱成像技术特点 

    组织的自发荧光限制了荧光染料在体内成像的应用，在活体动物中，动物胃肠内容物、皮肤等均有很强的荧光信号，特别是当激发光为蓝色或是绿色时尤为明显，通过利用近红外发射波长 的荧光染料，可以减少光的散射，吸收自发荧光，但自发荧光仍然限制着成像的灵敏度，成像依然不理想。而通过多光谱成像技术，可以消除自发荧光的影响嗍，使得其在多荧光标记和混合标记方面有很好的应用。多光谱成像技术可以适用于各种染料如传统的荧光染料，明视野下的苏木精、二氨基联苯胺等。传统的荧光染料如荧光蛋白，荧光蛋白作为一种信号报告分子，它们可以示踪细胞位移和亚细胞的生物过程，如基因表达和信号转导等。近年来发展起来的新型荧光探针如量子点，以其良好的光学特性，尤其适用于多光谱成像系统。